瑜伽有一个很重要的功效就是理疗的作用，古代瑜伽士认识到人类疾病的疗愈方法存在与自身，于是他们通过模仿不同动物及自己特定的体式作用人类自然特性的治疗方法，让身体各个系统能高效运行，用来预防和疗愈疾病。
练习者通过定期及坚持不懈的习练，能强化身体虚弱部位的血液循环，让这些部位恢复活力，同时提高了练习者的对疼痛的耐受力。人体本身是部非常复杂精微的机器，由肌肉、关节、神经、血管交错形成的网络。
对于严重的疾病，瑜伽体式也不能带来完全的康复，但通过勤奋坚定不移的练习，即身体特定部位的伸展和放松，可以慢慢使得大脑恢复平静，神经得到安抚，从而减缓的身体对疼痛的恐惧。现实生活中，人们总是谈癌色变，其实恐癌才是症结所在。
《人类简史》中写道：“你每天都有5次得癌症的机会”，这并非文学夸张，而是人们体内的异常细胞每天都会出现，只是大多夭折在癌变的路上。
体式练习可以让头脑更警醒，增强身体的柔韧性，镇定神经系统，从而让大脑放松，让身体、生理和情绪处于平衡状态。体式的疗效原理根本是基础体式的伸展、弯曲、扭转平衡的原则，这些动作可以改善和强化身体的各个系统。净化和强健身体的器官、骨骼及细胞。
同时在身体内部建了很多“水坝”，每一次练习血液和能量被带到水坝，然后水坝将缓缓开放让身体各个脏器吸收新鲜血液和能量。如果身体的一个部位产生疾病，这个部位就没有了觉知力，通过练习让疗愈的能量从水坝里流出持续得流向身体的患病部位，疗愈就此开始。
瑜伽疗愈另一方面需要让练习者掌控大脑对身体所带来的影响。瑜伽里说的大脑包含了意识、智力、思想，大脑的能量向人体从上到下各个部位供应了生命活力和康复能力。
通过专注向内觉察的瑜伽练习，练习者的大脑会变得平静淡定，可以和你容易接受痛苦，并与这种痛苦和平共处，与痛苦融为一体，而不是与痛苦对抗，包括身体的病痛和内心的苦痛。这样大脑的能量可以疗愈身体，反之，大脑的能量会在压力与痛苦的对抗中被消耗。
而瑜伽疗愈的最终是需要让大脑和身体协同作战。不同体式会作用于身体不同系统，比如呼吸系统、消化系统、循环系统、内分泌系统、免疫系统等。当然瑜伽的理疗效果是依附于练习者长期规律不间断的练习的，练习的时候要保持耐心，健康需要通过勤劳的汗水来换取。
